Отказ в возмещении НДС: правовые риски и влияние Федерального закона № 254-ФЗ

Отказ в возмещении налога на добавленную стоимость остаётся одной из наиболее распространённых причин налоговых споров между бизнесом и ФНС. Даже при наличии формально корректных документов налогоплательщики всё чаще сталкиваются с отрицательными решениями по итогам камеральных проверок.

Ситуация существенно изменилась после расширения полномочий налоговых органов и внедрения риск-ориентированных моделей контроля, в том числе в связи с принятием Федерального закона от 23 июля 2025 года № 254-ФЗ.

Почему ФНС отказывает в возмещении НДС

Практика последних лет показывает, что отказ в возмещении НДС нередко основан не на формальных нарушениях, а на оценке поведения налогоплательщика в целом. Налоговые органы анализируют экономический смысл операций, деловую цель и степень добросовестности компании.

Наиболее распространённые основания отказа:

• претензии к контрагентам и их налоговой дисциплине;
• выводы о формальном документообороте;
• отсутствие, по мнению ФНС, реального исполнения сделки;
• нарушение принципа должной осмотрительности;
• включение компании в зону повышенного налогового риска.

При этом налоговый орган всё чаще использует совокупность косвенных признаков, не опираясь на прямые доказательства налогового правонарушения.

Роль статьи 54.1 НК РФ в спорах о возмещении НДС

Ключевое значение в подобных спорах имеет статья 54.1 Налогового кодекса РФ, устанавливающая пределы осуществления налогоплательщиком своих прав.

Для отказа в налоговой выгоде ФНС обязана доказать наличие совокупности обстоятельств, включая:

• искажение сведений о фактах хозяйственной жизни;
• отсутствие реальной деловой цели;
• прямой умысел на получение необоснованной налоговой выгоды.

Однако на практике налоговые органы нередко подменяют доказывание умысла ссылками на формальные признаки и обобщённые выводы.

Что изменил Федеральный закон № 254-ФЗ

Федеральный закон № 254-ФЗ существенно расширил инструменты налогового контроля. С 2026 года ФНС получила право официально оценивать финансово-хозяйственное состояние юридических лиц и индивидуальных предпринимателей.

Такая оценка формируется на основе множества показателей, включая:

• структуру доходов и расходов;
• налоговую нагрузку;
• характер взаимоотношений с контрагентами;
• наличие признаков транзитных операций;
• устойчивость бизнес-модели.

Результаты этой оценки используются ФНС при планировании проверок, принятии решений по возмещению НДС и формировании риск-профиля налогоплательщика.

Почему формальный подход больше не работает

Наличие счетов-фактур, договоров и актов выполненных работ само по себе больше не гарантирует положительного решения по возмещению НДС. Налоговые органы анализируют реальный экономический смысл операций и поведение компании в целом.

Особое внимание уделяется:

• деловой цели сделок;
• экономической оправданности расходов;
• реальности цепочки создания добавленной стоимости;
• степени вовлечённости налогоплательщика в возможные нарушения контрагентов.

В этих условиях ключевое значение приобретает доказательная база, выходящая за рамки формальных документов.

Значение экономико-юридических заключений

В спорах о возмещении НДС всё большую роль играют экономико-юридические заключения специалистов. Они позволяют проанализировать хозяйственные операции с точки зрения их реального содержания и соответствия требованиям налогового законодательства.

Такие заключения используются:

• на стадии камеральных и выездных проверок;
• при досудебном обжаловании решений ФНС;
• в арбитражных судах;
• при формировании стратегии налоговой защиты.

Суды всё чаще принимают во внимание комплексный анализ фактов хозяйственной жизни, а не только позицию налогового органа.

Выводы

Отказ в возмещении НДС в современных условиях является не исключением, а частью системного подхода ФНС к налоговому контролю. Принятие Федерального закона № 254-ФЗ усилило аналитические возможности налоговых органов и повысило требования к качеству налоговой защиты бизнеса.

Эффективное противодействие отказам в возмещении НДС требует заблаговременной работы с налоговыми рисками, формирования доказательной базы и понимания логики налоговых органов и судебной практики.